Axure prototyping

Axure prototyping:

Montador de protótipos para web-sites


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BiBiServ - Bielefeld University Bioinformatics Service

BiBiServ - Bielefeld University Bioinformatics Service:

Cria consenso IUPAC a partir de um alinhamento múltiplo ou a partir de sequências FASTA.

Faz também primers...

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::Techs Worldwide:: Installing zlib on Ubuntu Linux

::Techs Worldwide:: Installing zlib on Ubuntu Linux:

SAMtools needs the installation of ZLIB library.
This page indicates how to install it.

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CmapTools - Home Page Cmap.html

CmapTools - Home Page Cmap.html:

Descrição conceitual com o CMAP.

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samtools.1

samtools.1: documentation

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Explain SAM Flags

Explain SAM Flags:

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Parallel BWA [pBWA] :: Home

Parallel BWA [pBWA] :: Home:

BWA paralelo

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Prezi - The Zooming Presentation Editor

Prezi - The Zooming Presentation Editor:

Apresentação com zoom.

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Bloom filter - Wikipedia, the free encyclopedia

Bloom filter - Wikipedia, the free encyclopedia:

Bloom filter, conceived by Burton Howard Bloom in 1970,[1] is a space-efficient probabilistic data structure that is used to test whether an element is a member of a set. False positives are possible, but false negatives are not; i.e. a query returns either "inside set (may be wrong)" or "definitely not in set". Elements can be added to the set, but not removed (though this can be addressed with a counting filter). The more elements that are added to the set, the larger the probability of false positives.


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SourceForge.net: Minimus2 - amos

SourceForge.net: Minimus2 - amos:

Minimus reune duas montagens diferentes...

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MSR-CA Genome Assembler, draft manual 1.0

Genome assembly com o Celera, onde a parte do overlap é trocada por uma opção de rodar com 'gráfico de Brujin'... parece que fica mais rápido para genomas enormes montados com reads curtas.

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Assembling Illumina and 454 data

Assembling Illumina and 454 data:

Hybrid Assembly... some options from a specialist's blog...

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Sequenciamento na Coréia, Macrogen

:::Welcome to Macrogen::::

Sequenciamento na Coréia. Manda-se o extrato amplificado num eppendor ou numa caixainha com um rótulo de Drosophila.


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PERL File Test Operators

File Test Operators:

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BASH Programming - Introduction HOW-TO: All about redirection

BASH Programming - Introduction HOW-TO: All about redirection:

1. redirect stdout to a file
2. redirect stderr to a file
3. redirect stdout to a stderr
4. redirect stderr to a stdout
5. redirect stderr and stdout to a file
6. redirect stderr and stdout to stdout
7. redirect stderr and stdout to stderr

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UCSC Genome Bioinformatics: FAQ

UCSC Genome Bioinformatics: FAQ:

O formato BED

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RNA-Seq De novo Assembly Using Trinity

RNA-Seq De novo Assembly Using Trinity:

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O bug do ano 2038

A função time, descrita por várias linguagens de programação, faz referência a quantos segundos que passaram desde o dia primeiro de janeiro de 1970.

Essa informação é normalmente armazenada em uma variável do tipo inteiro, que contém 32 bits, e é usada por inúmeros programas em todo o mundo. É um método simples usado para armazenar e contar segundos passados ao longo de um programa, ou para computar tempo de diversas formas.

Acontece que, em 2038, essa variável vai alcançar o valor binário máximo de 32 bits possível de ser armazenado em segundos, desde 1970.

É possível, portanto, que algum tipo de bug do milênio venha a acontecer em 2038... ou antes até, para programas que calculam tempo futuro. Se um programa por exemplo calcular o tempo de hoje até 2040 usando essa função, ele provavelmente vai dar algum tipo de bug.

É claro que houve muito alarmismo sobre o bug do milênio ao longo do ano 2000 e que ele não causou problemas muito severos, com algumas exceções notórias (http://en.wikipedia.org/wiki/Millenium_bug#Documented_errors).

Os programadores, entretanto, devem estar atentos a eventuais problemas que possam decorrer da utilização da função time em um futuro próximo.

Mais sobre o problema em:

Year 2038 problem - Wikipedia, the free encyclopedia:

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Bowtie algorithmic description

http://www.cbcb.umd.edu/~langmead/NCBI_Nov2008.pdf

Perl Regular Expressions

Melhor site contendo explicações simples sobre como utilizar expressões regulares em PERL.

Perl Regular Expressions:

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OpenVPN

OpenVPN: OpenVPN uses Public Key Infrastructure (PKI) to encrypt VPN traffic between nodes. A simple way of setting up a VPN with OpenVPN is to connect the clients through a bridge interface on the VPN server. This guide will assume that one VPN node, the server in this case, has a bridge interface configured.

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Genome Sequencing & Analysis Core Resource - Bioinformatics Services - IGSP

Custo de serviços de bioinformática na Duke University.

Genome Sequencing & Analysis Core Resource - Bioinformatics Services - IGSP:

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Sequence assembly with MIRA3

Sequence assembly with MIRA3:

The Definitive Guide

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